Инструкция по отключению сохранения изменений в исходных файлах.

Закрываем программу. В файле Local.config, расположенном в %LOCALAPPDATA%\Gremlin\Fb2Library, находим элемент <Confirmations />, к нему добавляем атрибут BookUpdateSourceFile="AlwaysNo" либо, если он уже существует, изменяем его значение на AlwaysNo.

Полученный элемент должен выглядеть следующим образом:

<Confirmations BookUpdateSourceFile="AlwaysNo" ...(другие атрибуты)... />

Сохраняем изменения.

Внимание! Любые ошибки в данном файле приведут к нарушению нормального функционирования программы. Делайте резервные копии. 

А что хочется иметь? Возможность указания нового местоположения папки с книгами? Или отключение сохранения изменений в исходных файлах вас устроит?

От меня ускользает смысл данного действа. Вы храните в библиотеке только информацию без хранения самих файлов книг? 

Исправлено в версии 1.4.1187.0

Это первая установка или программа до этого уже использовалась на этом компьютере?

Попробуйте в параметрах использовать кавычки, т.е. "%i"